En la noche del 20 al 21 de agosto de 1653 el pavorde de la catedral de Valencia, natural de Alcoy, Antonio Buenaventura Guerau Monllor, meditando sobre la frase del Cantar de los Cantares: Como lirio entre espinas, así es mi amiga entre las vírgenes, encontró unas azucenas, en cada una de sus cebollitas habla una inmatge de la Purfssinta Concepció. De este hecho se levantó acta notarial. En el propio lugar del hallazgo de los liríos milagrosos fue construida una ermita, terminada en agosto de 1663, siendo el primer templo dedicado a este misterio de la vida de la Virgen María en toda la Comunidad Valenciana. El día de su inauguración, 21 de agosto de 1663, el pavorde Guerau encontró otro lirio semejante a los encontrados en 1653, con la imagen de la Virgen en el bulbo o cebollita, Esta cebollita fue llevada a Valencia y enseñada al arzobispo y al virrey, los cuales la remitieron al rey Felipe IV.

    El arzobispo de Valencia, don Martín López de Ontiveros, mandó realizar un informe jurídico efectuado entre los días 2 y 5 de enero de 1665.

    En 1744 se construyó una nueva ermita en la Font Roja. El 28 de abril de 1765 se colocó en dicha ermita el grupo escultórico de la Purísima Concepción y San Felipe Neri, obra del escultor José Esteve Bonet, el cual lo construyó en 1764.

El 14 de junio de 1891 se bendijo el nuevo y actual santuario, En 1936 fue destruido el grupo escultórico colocado en el santuario de la Font Roja, siendo repuesto el nuevo en 1940, obra del escultor Rabasa.

     La Virgen de los Lirios fue proclamada patrona de Alcoy en 1941, siendo coronada canónicamente el 31 de mayo de 1953 por don Rigoberto Valls, arzobispo de Zaragoza, hijo de Alcoy. En 1967, la Virgen de los Lirios fue proclamada Alcaldesa Honoraria de Alcoy.

     El grabado, del siglo XIX, presenta en su parte inferior, un lirio que muestra en su cebollita, transformada, una imagen de la Purísima Concepción. En la parte superior, el conjunto escultural esculpido por José Esteve Bonet para el santuario de la Font Roja.